Sau khi Atem ra đi, Kaiba vẫn chưa thể nào nguôi hận vì bị đánh bại quá nhiều. Cậu vẫn nuôi mộng gặp lại Atem và quyết đấu 1 trận ra trò bằng cách chế tạo ra hệ thống Duel Disk mới. Trong khi đó, kẻ cầm đầu của một thế lực mới là Prana có âm mưu thôn tính Trái Đất và xóa sổ toàn bộ loài người. Kaiba và Yugi phải hợp tác để cùng nhau ngăn chặn hiểm họa này.
